Tahun 2004 ditandai dengan peralihan besar situasi formasi SMM Indonesia. Dewan memutuskan agar pada tahun 2004, para frater yang baru menghabiskan masa novisiat di Ruteng tidak lagi mengikuti pendidikan filsafat dan teologi di Bandung, tetapi di STFT Widya Sasana Malang. P. Arnold Suhardi yang sebelumnya bertugas di rumah formasi skolastik Bandung ditugaskan untuk menjadi rektor bagi para frater SMM di Malang. Sementara di Bandung para frater skolastik yang masih mengikuti pendidikan filsafat dan teologi di UNPAR masih diperkenankan untuk mengikuti pendidikan di Bandung selama setahun dan kemudian akan dipindahkan ke STFT Widya Sasana Malang. Jumlah para frater pertama yang memulai pendidikan di STFT Widya Sasana Malang adalah sepuluh orang. Lima diantaranya mengikuti program pasca sarjana dan lima yang lainnya mengikuti program strata satu. Mula-mula mereka mengontrak rumah di JL. Langsep Barat Kav. 40. Rumah kontrakkkan ini letaknya tidak jauh dari kampus STFT. Pada tahun 2005, rumah pembinaan di Joyo Grand yang telah mulai dibangun tahun 2004 telh rampung. Para frater yang sebelumnya tinggal di Jl. Langsep, pada tanggal 20 Juli 2005 pindah ke rumah formasi yang baru yang terletak di Jl. Joyo Agung 100, Joyo Grand. Mereka kemudian bergabung dengan para frater pindahan dari FF UNPAR Bandung. Pada 14 Agustus 2005 rumah formasi baru ini diresmikan oleh Mgr. H.J.S. Pandoyoputro, OCarm. P. Konrad Hancu kemudian diangkat menjadi rektor di rumah formasi baru ini untuk jangka waktu satu tahun. Pada tahun kedua (2006), P. Konrad hancu dipindahkan ke Sintang dan yang menggantikannya adalah P. Arnoldus Suhardi.